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急性期一般不宜作鋇劑檢查。而特別注意的是重度潰瘍性結腸炎在作鋇灌腸時，有誘發腸擴張與穿孔的可能性。鋇灌腸對本病的診斷和鑒別診斷有重要價值。臨床靜止期可作鋇灌腸檢查，以判斷近端結腸病變，需排除克隆病者宜再作全消化道鋇餐檢查，氣鋇雙重對比法更易發現黏膜淺表病變。臨床上多數病變在直腸和乙狀結腸，採用乙狀結腸鏡檢查很有價值，對於慢性或疑為全結腸患者，宜行全結腸鏡檢查。一般不作清潔灌腸，急性期重型者應列為禁忌，以防穿孔。根據引起腸道炎症的病因不同，併發症也不同。主要併發症包括：出血、穿孔、中毒性腸擴張、息肉增生或癌變等。

因病原不同而異。一般應根據病史和臨床表現初步加以判斷。進一步確診需依賴實驗室檢查。細菌性腸炎可作嘔吐物及大便培養，獲得病原菌即可確診。有些病原菌如沙門菌感染可作血培養。病毒性腸炎可用電子顯微鏡、免疫電鏡、免疫螢光及血清學檢查如補體結合試驗、酶聯免疫吸附法及放射免疫法等檢查病毒的抗原和抗體。寄生蟲性腸炎可直接鏡檢，尋找病原體及其蟲卵。真菌性腸炎可從大便中直接塗片，在顯微鏡下檢查真菌或作大便真菌培養。

補充液體及糾正電解質和酸中毒。輕度脫水而且嘔吐不重者，可口服補液，口服液配方為氯化鈉，碳酸氫鈉，氯化鉀，葡萄糖或蔗糖,加水。脫水或嘔吐較重者，可靜脈輸入生理鹽水、等滲碳酸氫鈉和氯化鉀溶液以及葡萄糖。減少腸道蠕動和分泌性藥物。可小量應用阿托品、顛茄、普魯本辛以減輕腸道蠕動，可止痛及止瀉。也可應用氯丙嗪，有鎮靜作用，並可抑制腸毒素引起的腸黏膜過度分泌，使大便次數及便量減少。要加強鍛煉，增強體質。勿進食病死牲畜的肉和內臟。肉類、禽類、蛋類等要煮熟後方可食用。不吃腐敗變質的食物，不喝生水，生吃瓜果要燙洗，要養成飯前便後洗手的良好習慣。

臨床表現為長期慢性、或反復發作的腹痛、腹瀉及消化不良等症，重者可有黏液便或水樣便。腹瀉程度輕重不一，輕者每日排便3～4次，或腹瀉便秘交替出現；重者可每1～2小時一次，甚至出現大便失禁。部分患者可有夜間腹瀉和（或）餐後腹瀉。直腸嚴重受累時，可出現裡急後重感。糞質多呈糊狀，混有大量黏液，常帶膿血。部分患者便鮮血，其病變限於直腸，稱出血性直腸炎，血液或大便分開排出，或附著于正常或燥糞表面，常被誤認為是痔出血。直腸炎患者亦常排黏液血便，甚至出現大便失禁。病變若擴展至直腸以上，血液往往與糞便混合或出現血性腹瀉

病毒性腸炎一般不需病原治療，可自愈。細菌性腸炎，最好根據細菌藥物敏感試驗結果選用抗菌藥。患細菌性痢疾時，因痢疾桿菌對常用抗菌藥廣泛耐藥，一般可選用複方磺胺甲基異唑（複方新諾明）、吡呱酸、慶大黴素、丁胺卡那黴素等。空腸彎麴菌腸炎可用紅黴素、慶大黴素、氯黴素等治療。耶爾森小腸結腸炎桿菌腸炎一般應用慶大黴素、卡那黴素、複方磺胺甲基異唑、四環素、氯黴素等。沙門菌腸炎輕型病人可不用抗菌藥，重型病人可用氯黴素或複方磺胺甲基異唑。侵襲性大腸桿菌性腸炎用新黴素、粘菌素和慶大黴素等治療，可獲良好效果。阿米巴痢疾、雅爾氏鞭毛蟲和滴蟲引起的腸炎，可用甲硝噠唑（滅滴靈）治療。血吸蟲病可用吡喹酮治療。白色念珠菌腸炎以制黴菌素口服，療效較好。伴有全身性真菌感染者，則需應用二性黴素B治療。