大拇指根部長出一個硬疙瘩，大拇指都很疼

從資料來看初步考慮有腱鞘囊腫等可能，建議到醫院就診檢查以明確診斷，如診斷為腱鞘囊腫可考慮進行手術治療，祝早日康復。

根據你的描述，考慮是屬於扁平疣的症狀，都是病毒感染的，一般情況下建議及時休息，繼續抗病毒治療試試，也是會好轉，你可以繼續配合除疣淨治療試試。