早上起來發現右眼充血大概有一個小手指蓋那麼大，頭有點疼，眼睛有輕微的疼

如果是結膜發紅充血那麼這個問題可能是結膜發炎，可能是受到摩擦造成的或者是因為晚上沒有休息好，平時勞累過度晚上熬夜用眼過度造成這個問題。眼睛疲勞的時候按揉一下眼睛可以改善血液迴圈可能會好一點。有條件的話到正規醫院做個檢查排除其他疾病可能性，結膜發炎造成的話可以用利福平滴眼液，多吃新鮮的蔬菜水果。

您自述現在主要是發現右眼充血，有出血點的情況。那麼現在主要是進一步的檢查查找導致出血的原因了，建議您到當地正規醫院掛眼科就診，先請接診醫生看看患處實際情況，再進行檢查測試顱腦磁共振等等必要的檢查，目的是進一步的查找導致出現上述症狀的原因，在根據檢查的結果為下一步治療方案的選擇做準備了。