但是目前被確診為梅毒,只是TPPA有陽

按照規矩是應該先檢查RPR，只有RPR陽性的才做TPPA，是陰性的就不做TPPA，
完全可以進部隊的，如果RPR是陰性你就是己經完全好了的，你己經沒有梅毒了為什麼還要把你當梅毒呀。沒有必要治療這麼長時間，用苄星青黴素治療只要三風周最多四周，這個是當前效果最好的治法

從你的描述來看那會影響你進入部隊的。
醫院的體檢大都是做TPPA，但也有部分醫院是做RPR篩查，那要看你的運氣了。