反復自然流產的病因十分複雜，
除染色體異常、內分泌失調、生殖系統結構畸形和感染以外，
約有60%～70%患者原因不明。
近來研究認為，
免疫因素也是一類重要原因，
在原因不明的患者中，
約有30%的患者與自身抗體產生有關，
即可能為自身免疫病，
稱為自身免疫性反復自然流產；另外，
約70%的患者可能與對胎兒父系抗原低反應性有關，
稱為同種免疫性反復自然流產。
近年，
醫學界對反復自然流產免疫學因素的研究工作取得了較大進展。
胚胎可看作是具有父方50%遺傳物質的同種自然移植物，
具有同種異體移植及自體移植的雙重特性。
胎兒及其附屬物不被母體排斥並可在子宮內發育成熟，
母體必須形成免疫耐受。
正常妊娠期，
母體免疫功能發生變化，
形成主要由特異性免疫抑制物(封閉抗體、抑制性T細胞)與非特異性因數(雌孕激素、人絨毛膜促性腺激素、人胎盤催乳素、促合成代謝因數、妊娠相關血漿蛋白等)共同組成的免疫維持系統。
各種免疫學因素通過有機協調參與維持妊娠。
若母體免疫平衡失調，
排斥作用增強，
則可能引起流產。
封閉抗體
近期的研究證實，
人類成功妊娠的母體記憶體在封閉抗體，
而反復自然流產患者體內則缺乏此抗體。
對於不能產生足夠封閉抗體的流產患者，
應用供者白細胞或配偶白細胞免疫，
能成功地誘導出封閉抗體，
且再次妊娠成功率達80%左右。
許多事實表明，
封閉抗體是人類成功妊娠不可缺少的重要前提，
且自始至終參與妊娠中母——胎免疫調節機制。
夫婦間組織相容性白細胞抗原相似性大，
導致母體對胚胎的父系抗原免疫識別功能不全，
可能是反復自然流產的原因之一。
有研究發現，
反復自然流產夫婦共有組織相容性白細胞抗原DR的幾率顯著高於正常生育夫婦，
共有組織相容性白細胞抗原A、組織相容性白細胞抗原B的幾率也顯著高於正常生育夫婦。
